Empat tahun setelah diresmikannya Perguruan Tinggi Pertanian pada tanggal 30 November 1954 oleh Wakil Presiden Republik Indonesia Drs. Muhammad Hatta di Payakumbuh, dimasukan bidang ilmu mekanisasi pertanian dalam bentuk mata kuliah pada Departemen Agronomi, yang diperkuat dengan pengadaan alat perbengkelan dan traktor pertanian. Selanjutnya pada tahun 1958 resmi berdiri Departemen Mekanisasi Pertanian dengan Ketua Departemen Bapak Ir. Syuhinar Bustami. Pada tahun 1963 dimunculkan pula mata kuliah bidang keahlian yang berhubungan dengan pasca panen dan pengolahan hasil pertanian, yang selanjutnya dikembangkan menjadi Departemen Teknologi Hasil Pertanian. Pada tahun 1967 secara resmi berdiri Departemen Teknologi Hasil Pertanian yang diketuai oleh Ibu Ir. Yuliar Anas.
Pada tahun 1974 ke dua Departemen ini berubah nama masing-masing menjadi Jurusan Mekanisasi Pertanian dan Jurusan Teknologi Hasil Pertanian. Pada tahun 1983 melalui SK Dikti No 0125/0/1983, pada masing-masing Jurusan Mekanisasi Pertanian dan Jurusan Teknologi Hasil Pertanian ditetapkan pula Program Studi dengan nama Program Studi Mekanisasi Pertanian dan Program Studi Teknologi Hasil Pertanian.
Pada tahun 1984 melalui SK Dirjen DIKTI No. 130/DIKTI/Kep/1984 Jurusan Mekanisasi Pertanian dan Jurusan Teknologi Hasil Pertanian digabungkan menjadi Jurusan Teknologi Pertanian dengan dua Program Studi, yaitu Program Studi Mekanisasi Pertanian dan Program Studi Teknologi Hasil Pertanian. Program Studi Mekanisasi Pertanian kemudian berubah menjadi Program Studi Teknik Pertanian melalui SK Dirjen DIKTI Nomor 210/DIKTI/Kep/96, sementara Program Studi Teknologi Hasil Pertanian masih tetap dengan nama yang sama.
Pengembangan Jurusan Teknologi Pertanian yang semula berada di bawah naungan Fakultas Pertanian, menjadi Fakultas Teknologi Pertanian telah dimulai semenjak tahun 1986. Namun saja dengan adanya perubahan penjurusan pada Fakutas Pertanian, maka rencana itu tertunda dan baru tahun 1996 dibentuk lagi kepanitiaan untuk mendirikan Fakultas Teknologi Pertanian. Rencana ini kembali tidak bisa dilanjutkan karena adanya moratorium pendirian fakultas baru. Pada tahun 2006 semangat untuk mengembangkan jurusan Teknologi Pertanian menjadi Fakultas Teknologi Pertanian bangkit lagi dengan dibentuknya Tim Pengembangan Jurusan menjadi Fakultas Teknologi Pertanian yang diketuai oleh Prof. Dr. Ir. H. Isril Berd, S.U. dan sekretaris Dr. Ir. Rusnam, M.S. melalui SK Dekan Fakultas Pertanian Nomor 181/J16.1/KP/2006 tanggal 10 Juli 2006, dimana pada saat itu Dekan Fakultas Pertanian dijabat oleh Dr. Ir. Masrul Djalal, M.S. Pengembangan Jurusan Teknologi pertanian menjadi Fakultas disetujui dan direkomendasikan oleh Senat Fakultas Pertanian melalui Rapat Senat tanggal 19 Juli 2007.
Pengembangan Jurusan menjadi Fakultas kemudian mendapat persetujuan dan rekomendasi dari Komisi Pendidikan Senat Universitas Andalas pada tanggal 20 Agustus 2007. Rektor Universitas Andalas melalui surat No. 9765/ H16/PP/2007 tanggal 10 Oktober 2007 mengajukan permohonan persetujuan kepada Dirjen DIKTI. Persetujuan Dirjen DIKTI tentang pengembangan Jurusan Teknologi Pertanian menjadi Fakultas Teknologi Pertanian Universitas Andalas ditetapkan melalui surat No. 1193/DT/2008 tanggal 25 April 2008. Berdasarkan persetujuan DIKTI, Rektor Universitas Andalas menetapkan berdirinya Fakultas Teknologi Pertanian melalui SK. No. 943/III/A/ UNAND/2008 tanggal 15 Mei 2008.
Rektor Universitas Andalas melalui SK No. 985/III/A/UNAND-2008 tanggal 2 Juni 2008, menetapkan Prof. Dr. Ir. H. Isril Berd, S.U. dan Ir. Aisman, M.Si. masing-masing sebagai pejabat Dekan dan Sekretaris Dekan pertama dengan masa tugas selama 2 (dua) tahun (2008-2010). Selanjutnya melalui keputusan rapat Senat Fakultas Teknologi Pertanian tanggal 23 April 2009, maka tanggal 15 Mei selanjutnya ditetapkan sebagai hari lahirnya Fakultas Teknologi Pertanian.
Pada kepemimpinan dekan periode ke dua dari tahun 2010 sampai 2012 Organisasi Tata Kelola Fakultas juga belum mengikuti struktur yang sesuai Statuta Universitas Andalas dimana baru ada Dekan yaitu Prof. Dr. Ir. Fauzan Azima, M.S., dan Sekretaris Dekan Prof.Dr.Ir. Rusnam, MS. Guna melengkapi organisasi tata kelola, maka untuk sementara dekan mengangkat Asisten Dekan Bidang II dan Asisten Dekan Bidang III.
Berdasarkan penetapan OTK Universitas Andalas melalui Peraturan Mendikbud RI No. 25 tahun 2012 tanggal 18 April 2012, struktur organisasi pada Fakultas Teknologi Pertanian dilengkapi menjadi Dekan Prof. Dr. Ir. Fauzan Azima, M.S., Wakil Dekan I Prof.Dr.Ir. Novizar Nazir, M.Si., Wakil Dekan II Prof.Dr.Ir. Rusnam, MS., dan Wakil Dekan III Dr.Ir. Sandra, M.Si.
SOTK Universitas Andalas kembali berubah dengan keluarnya Peraturan Pemerintah Nomor 95 Tahun 2021 tentang penetapan Universitas Andalas menjadi PTN BH yang diundangkan pada tanggal 31 Agustus 2021, melalui Lembaran Negara Tahun 2021 Nomor 203. Universitas Andalas kemudian mengeluarkan Peraturan Rektor Nomor 8 tahun 2022 tentang Organisasi dan Tata Kerja Organ Pengelola Universitas Andalas. Sesuai SOTK ini, maka Fakultas Teknologi Pertanian dipimpin oleh Dekan yang dibantu oleh Wakil Dekan I Bidang Akademik dan Kemahasiswaan dan Wakil Dekan II Bidang Umum dan Sumber Daya. Wakil Dekan 1 dibantu oleh Manajer Pendidikan, Kemahasiswaan, Penelitian, dan Pengabdian kepada Masyarakat; dan Wakil Dekan II dibantu oleh Manajer Sumber Daya Manusia, Teknologi Informasi, Kerja Sama, dan Hubungan Alumni.
Pada periode pertama SOTK baru ini tahun 2022-2027, Dekan Fakultas Teknologi Pertanian dijabat oleh Dr.Ir. Alfi Asben, MSi., Wakil Dekan I Dr. Deivy Andhika Permata, SSi, MSi dengan Manajer Bidang I dijabat Oleh Fadli Irsyad, STP, M.Si., Ph.D sementara Wakil Dekan II adalah Dr. Ir. Aisman, M.Si dengan Manajer Bidang II adalah Purnama Dini Hari, STP, MSc.
